Tillstånd enligt kärntekniklagen (KTL) söks hos Strålsäkerhetsmyndigheten (SSM). När SSM fått in SKB:s ansökan avseende slutförvaret inleder de sin granskning av ansökan och dess underlag. Eventuellt begär SSM kompletteringar från SKB. När SSM bedömer att materialet är komplett skickar de ut det på remiss, varefter SKB ges tillfälle att bemöta remissinstansernas yttranden. Sedan överlämnar SSM ärendet till regeringen med ett eget yttrande.
Ansökan om tillstånd enligt miljöbalken (MB) handläggs av miljödomstolen. Även miljödomstolen kan begära kompletteringar innan ansökan remitteras till berörda myndigheter och sakägare. SKB ges tillfälle att bemöta inkomna yttranden. Miljödomstolen håller en huvudförhandling, varefter ärendet överlämnas till regeringen för tillåtlighet.
Samordnad prövning
Regeringen kommer troligen att pröva ärendena samordnat. Formellt ska regeringen besluta i tre frågor; om tillstånd enligt KTL kan ges för inkapslingsanläggningen respektive slutförvaret, samt om den sökta verksamheten är tillåtlig enligt MB. Innan beslutet tas kommer regeringen att inhämta ett "vetoyttrande" från den berörda kommunen.
Om regeringen ger tillstånd enligt KTL och tillåtlighet enligt MB kommer ärendena återigen att överlämnas till SSM respektive miljödomstolen. Miljödomstolen fastställer vilka villkor som ska gälla för verksamheten enligt MB. När det gäller prövningen enligt KTL kan såväl regeringen som SSM komma att meddela villkor eller föreskrifter för att reglera verksamheten.
För att verksamheten ska kunna ges tillstånd måste den också vara förenlig med planerad markanvändning enligt kommunens gällande planer. Det är också, enligt plan- och bygglagen, en förutsättning för att bygglov ska kunna beviljas av kommunen.
* Den 1 juli 2008 slogs SKI och SSI ihop till Strålsäkerhetsmyndigheten.