Av de ämnen som finns i grundvattnet är det främst syre och sulfidjoner som kan orsaka korrosionsskador på kapseln. Syre kan reagera med koppar och bilda kopparoxider. Sulfidjonerna bildar kopparsulfid när de reagerar med kopparn.
Syret i vattnet är egentligen inget problem. Syre är bakteriernas favoriträtt framför andra och det ämne som förbrukas allra först. Det vatten som bentonitbufferten suger åt sig kommer att innehålla mycket lite syre. För att försöka räkna ut vad som händer med sulfidangreppen på kapseln har forskarna tänkt sig två scenarier.
Bakterier i berg och bentonit – två scenarier
I det första scenariet växte det sulfatreducerande bakterier i berget alldeles utanför bentonitbufferten. Bakterierna tillverkade vätesulfid,
som sedan mycket långsamt tog sig in i och genom lagret av bentonit. Bentonitleran visade sig emellertid ha så stort transportmotstånd att vätesulfidens inverkan på korrosionen i stort sett var försumbar.
I det andra scenariet växte de sulfatreducerande bakteriestammarna inne i bentonitleran i stället för i berget utanför. Vid försök i laboratorium visade det sig emellertid att vattenhalten i bentoniten var för låg. En liten del av bakterierna kunde överleva i två månader. Resten dog tämligen omgående.